| kodonas | Groups of three nucleotide bases form a codon that specifies one of the 20 naturally occurring amino acids used in protein synthesis. |
| Anticodone | A three-nucleotide codon sequence in the mRNA base-pairs with a three-nucleotide antico don sequence in the transfer RNA |
| Ateniuatorius | This stem-loop structure, referred to as
the terminator, or attenuator, causes transcription of
the operon to be terminated. |
| Promotorius | The DNA region that RNA polymerase associates with
immediately before beginning transcription is known
as the promoter. |
| Atviras promotoriaus kompleksas | After the holoenzyme induces the DNA to dena-
ture in a small region, the RNA polymerase and DNA
form an open promoter complex |
| a consensus sequence. | If, however, some variation appears in the sequence, but certain
nucleotides occur at a high frequency (significantly greater
than by chance), we refer to those nucleotides as mak-
ing up a consensus sequence. |
| closed promoter complex | This initiation complex is initially
referred to as a closed promoter complex because the
DNA has not denatured in the promoter region |
| operon | An operon is several
genes that encode proteins that are involved in a related
process, which are expressed on a single mRNA that is
under the transcriptional control of a single promoter. |
| Intronas | These intervening sequences, or introns, are
transcribed RNA sequences that are removed in the
nucleus before the mature RNA is transported into the
cytoplasm |
| exons | The segments of the gene
between the introns, which are transcribed and pres-
ent in the mature RNA molecule are termed exons. |
| spliceosome | The protein–RNA complex required for the
removal of the introns from nuclear pre-mRNA is
called a spliceosome. |
| Alternatyvus sigma faktorius | pvz, sigma32. Apsaugo nuo neigiamo temperatūros poveikio. Htpr genas saugo info apie ši faktoriu, jis jungiasi prie HSP geno promotoriaus. |
| Baltymai aktyvatoriai | Reguliaciniai baltymai, skatinantys transkripciją, vadinami
aktyvatoriais |
| Baltymai represoriai | Reguliaciniai baltymai, slopinantys transkripciją, vadinami
represoriais |
| Bendrieji transkripcijos faktoriai | Transkripcijos faktoriai leidžia RNR
polimerazei prisijungti prie promotoriaus ir
suformuoti uždarą promotoriaus
kompleksą
Po prisijungimo DNR denatūruojama,
susiformuojant pūslei, vadinamai atviru
polimerazės kompleksu arba tiesiog atviru
kompleksu |
| CpG sala | CpG salos yra genomo srityse, kuriose yra
didelis CpG kiekis
– Jų ilgis yra 1-2 KB
– Išsidėsčiusios kelių šimtų bazių porų atstumu prieš
srovę arba pasroviui nuo transkripcijos starto vietos
cpg sailensina gena
CG pasikartojimų ruožai(kuriuos CpG nustato gretimose bazėse, o ne bazių porose). šios sekos randamos promotoriuose ir transkripcijos pradžios regionuose daugelyje genų, gali būti metilinamos, kad mažintų geno raišką |
| Domenas | Transkripcijos faktorių baltymai turi regionus,
vadinamus domenais, atliekančius specifines
funkcijas
Vienas domenas gali būti jungimosi su DNR vieta
Kitas domenas gali būti jungimosi su efektoriaus
molekulėmis vieta
Motyvas yra domenas ar jo dalis, kurio(s) struktūra
yra labai panaši daugelyje skirtingų baltymų |
| Motyvas | Motyvas yra domenas ar jo dalis, kurio(s) struktūra
yra labai panaši daugelyje skirtingų baltymų |
| Esminiai genai | Nereguliuojami genai vadinami esminiais
(constitutive)
Jų raiškos lygis iš esmės yra pastovus
Dažniausiai esminiai genai koduoja baltymus, būtinus
organizmui išgyventi |
| Genetinis kodas | Kodonus sudaro 3 bazės
• Nepersidengiantis
• Perteklinis/išsigimęs (daugiau nei vienas
kodonas koduoja kai kurias aminorūgštis)
• Iššifruotas naudojant dirbtinai susintetintas
mRNR (pvz., poliU) ar trinukleotidus |
| Geno raiška | Genų raiška (ekspresija) yra procesas, kurio metu ląstelėse geno DNR seka yra
verčiama į transkripto RNR seką, o po to dekoduojama iki aminorūgščių sekos
polipeptide. |
| Histonų kodas | Histonų kodo hipotezė sako, kad modifikacijos specifiškai keičia
genetinio kodo realizavimą
• Histonų variantų įjungimas į nukleosomas vietoje kanoninių
histonų |
| Histonų variantai | Histono 3 variantai
– Histonas H3.3 dalyvauja transkripcijos
aktyvacijoje
– CENPA (Centromere Protein A) baltymas yra
būtinas centromeros chromatinui susiformuoti
• H2A variantai
– mH2A pakeičia standartinį histoną H2A,
vykstant X chromosomos inaktyvinimui
– H2AZ aktyvina transkripciją
• Histonų variantų įsijungimui į chromatiną
padeda kiti baltymai |
| Induktoriai | Kai kada mažos efektorių molekulės gali sustiprinti
transkripciją
Tokios molekulės vadinamos induktoriais
Induktoriai veikia dviem būdais
Prisijungia prie aktyvatorių ir paskatina juos jungtis prie DNR
Prisijungia prie represorių ir neleidžia jiems jungtis prie DNR
Genai, reguliuojami tokiu būdu, yra vadinami indukuojamais |
| Indukuojami genai | Kai kada mažos efektorių molekulės gali sustiprinti
transkripciją
Tokios molekulės vadinamos induktoriais
Induktoriai veikia dviem būdais
Prisijungia prie aktyvatorių ir paskatina juos jungtis prie DNR
Prisijungia prie represorių ir neleidžia jiems jungtis prie DNR
Genai, reguliuojami tokiu būdu, yra vadinami indukuojamais |
| Inhibitoriai | Inhibitoriai jungiasi prie aktyvatorių ir neleidžia jiems prisijungti prie
DNR |
| Koduojanti grandinė | DNR grandinė, kuri yra transkribuojama, vadinama
matricine grandine
Priešinga jai grandinė yra vadinama koduojančia
grandine arba reikšmine grandine |
| Korepresoriai | Korepresoriai veikia prisijungdami prie
transkripcijos faktorių, jau prisijungusių prie DNR. Daugelis transkripcijos faktorių,
priklausomai nuo situacijos, gali veikti ir kaip aktyvatoriai, ir kaip represoriai. |
| Neigiama transkripcijos kontrolė | Transkripcinė reguliacija, vykdoma represorių, vadinama
neigiama kontrole |
| Operonas | Operonas yra reguliacinis genomo vienetas,
sudarytas iš kelių struktūrinių genų, kontroliuojamų
vieno promotoriaus
Jis koduoja policistroninę mRNR, turinčią dviejų ar
daugiau struktūrinių genų koduojančias sekas
Jis leidžia bakterijai koordinuotai reguliuoti grupę genų,
kurie koduoja baltymus, atliekančius panašias funkcijas |
| Perteklinė kontrolė | Kai kurie aminorūgščių sintezės operonai yra reguliuojami tik per ateniuacijos
mechanizmą
– Histidino operonas (his) E. coli, kuriame lyderio peptide yra 7 histinai iš eilės;
– trp operonas B. subtilis, kuriam reikia 11 triptofano molekulių ateniuacijai vykti.
• Kitais atvejais yra būdinga perteklinė kontrolė, t.y. operoną reguliuoja keletas
skirtingų mechanizmų
– E. coli gali įvertinti paties triptofano kiekius (per represoriaus sistemą, kurioje triptofanas veikia kaip
korepresorius) ir triptofanil-tRNR kiekius (per ateniuatoriaus kotrolės sistemą)
– Ateniuatorius taip pat leidžia reguliuoti triptofano sintezę, atsižvelgiant į kitų aminorūgščių kiekius |
| Policistroninė mRNR | Dauguma koordinuoto genų reguliavimo vyksta dėl genų susigrupavimo į
operoną, kurį reguliuoja vienas promotorius ir nuo kurio yra transkribuojama
viena policistroninė mRNR |
| Reguliaciniai (atsako, kontrolės) elementai | Transkripcinėje reguliacijoje dalyvauja dviejų pagrindinių tipų
reguliaciniai baltymai
Represoriai Jungiasi prie DNR ir nuslopina transkripciją
Aktyvatoriai Jungiasi prie DNR ir skatina transkripciją |
| Regulonas | Kai kurių fiziologinių procesų metu suderintai yra
reguliuojami ne pavieniai genai ar operonai, o
ištisos genų ar operonų, išsidėsčiusių skirtingose
genomo vietose, grupės
– Bakterijų sporuliacija
– Bakterijų atsakas į šiluminį šoką
– Toksinų sintezė
• Tokios suderintai reguliuojamų genų ar operonų
grupės yra vadinamos regulonu |
| Represuojami genai | Korepresoriai jungiasi prie represorių ir skatina juos jungtis prie DNR
Inhibitoriai jungiasi prie aktyvatorių ir neleidžia jiems prisijungti prie
DNR
Genai, reguliuojami tokiu būdu, yra vadinami represuojamais |
| Ribojungiklis | Viena iš bakterijų genų raiškos reguliavimo forma
yra mRNR sekos panaudojimas tą mRNR
koduojančio geno ekspresijai reguliuoti
Kadangi šios sekos veikia tą pačią molekulę, kurioje yra
koduojamos, jas galima priskirti prie cis veikiančių reguliacinių
elementų
Šie reguliaciniai elementai yra vadinami
ribojungikliais (riboswitches).
Jie yra mRNR elementai, prisijungiantys
metabolitus ar metalų jonus kaip ligandus, ir
reguliuojantys mRNR raišką per alternatyvias
struktūras, kurios susidaro dėl ligandų prisijungimo |
| Signalo perdavimo kelias | Dažnai tai vyksta per signalo perdavimo kelią, kai geno veiklą
reguliuojantis signalas yra perduodamas iš ląstelės ar
organizmo aplinkos į citoplazmą, o po to – į branduolį.
• Pavyzdys – Dorsal signalo perdavimo kelias drozofilos
ląstelėse |
| Splaisingas | Intronų pašalinimas |
| Splaisingo enhanseris | • Splaisingo enhanseriai – skatina
sunkiai atpažįstamų splaisingo vietų
panaudojimą |
| Splaisingo represorius | Splaisingo represoriai – blokuoja 3’
splaisingo vietos atpažinimą, dėl to
naudojama sekanti splaisingo vieta |
| Splaisosoma | Splaisosoma iš pirminio transkripto pašalina intronus ir tiksliai sujungia likusius
egzonus |
| Stop kodonas | transliacija sustoja ties šiuo kodonu |
| Struktūrinis genas | Struktūrinis genas yra tas, kuris koduoja polipetidą
Kai toks genas yra transkribuojamas, susidaro RNR
transkriptas, vadinamas informacine RNR (mRNR=
messenger RNA) |
| Teigiama transkripcijos kontrolė | Transkripcinė reguliacija, vykdoma aktyvatorių, vadinama
teigiama kontrole |
| Topologiškai asocijuojantis domenas (TAD) | genomo regionai, kur kiekviename jų esanti DNR tarpusavyje sąveikauja daugiau, nei su kitomis genomo vietomis |
| Transkripcija | genetinės informacijos nurašymo procesas nuo DNR matricinės grandinės į informacine mRNR molekulę |
| Transliacija | baltymų sintezės procesas, kai mRNR kodonai verčiami į aminor. sekas |
| Uždaras promotoriaus kompleksas | DNR seka su RNR pol, kai DNR promotoriaus regionas nedenatūravęs, transkripcijos inicicijos kompleksas |
| bendrieji transkripcijos faktoriai | būtini baziniai transkripcijai baltymai, kurie jungiasi prie DNR ir yra reikalingi RNR pol jungtis prie pomotoriaus |
