| ukuran protein paling kecil adalah? | +- 50 residu |
| 1 rantai polipeptida terdiri dari berapa residu asam amino? | 250.000 |
| apa saja yg perlu dierhatikan untuk menentukan ukuran protein? | berat molekul dan jumlah residu N-terminal |
| berat molekul digagas oleh siapa? | dalton |
| apa yg harus dilakukan untuk mengukur BM protein? | polipeptida harus dalam keadaan terurai |
| untuk mengurai protein dibutuhkan apa saja? | detergent dan denaturant |
| teknik untuk menentukan ukuran protein adalah? | filtrasi gel
analisis sedimentasi
electrospray ionization mass spectrometry |
| filtrasi gel menggunakan bahan apa? | detergent SDS (sodium dodecyl sulfate) |
| elektroforesis adalah | suatu pergerakan partikel atau koloid yang bermuatan listrik melalui suatu gel yang dipengaruhi oleh medan listrik
pemisahan protein dari suatu campuran dengan menggunakan medan listrik |
| kegunaan eletroforesis adalah | menentukan titik isoelektrik
menentukan ukuran protein
memisah, mengidentifikasi, pemurnian protein dan fragmen DNA |
| struktur yang dapat dipisahkan oleh SDS adalah? | struktur tersier
protein menjadi berbentk linier |
| Gel elektroforesis adalah | gel yg berguna sbg saringan agar molekul sesuai dengan uukuran dan bentuknya |
| cara kerja SDS adalah | SDS akan melapisi protein dengan muatan negatif yg seragam, yang
menutupi muatan intrinsik pada kelompok R. SDS berikatan scr
merata dengan protein linier (sekitar 1,4g SDS / 1g protein), artinya
bahwa muatan protein sekarang kira-kira sebanding dengan berat
molekulnya.
SDS juga terdapat pada gel untuk menjaga linearitas protein dan
membungkus nya dan tetap dlm muatan negatif selama running |
| faktor dominan untuk menentukan protein berlapis SDS adalah | radius molekul |
| bagaimana karakteristik protein berlapis SDS? | molekul linier dengan panjang gelombang dan lebar 18 angstroms yg proporsional sebanding dengan berat molekulnya |
| radius molekuler dapat ditentukan oleh? | berat molekul protein |
| matriks gel yang digunakan untuk SDS page adalah? dan kenapa? | poliakrilamida, krn tidak bermuatan dan dapat dgn mudah dibuat pada berbagai konsentrasi untuk menhasilkan ukuran pori yang berbeda |
| protein yang terbungkus SDS cenderung bergerak menuju mana? | anoda positif dgn gradasi yg berbeda tergantung BM |
| Bahan elektroforesis apa saja? | gel dengan detergen SDS
akrilamid |
| SDS fungsinya ? | membungkkus atau menyelimuti protein sehingga protein bermuatan negatif
sehingga sampel akan berjalan pada gel dr atas ke bawah (tergantung ukuran molekul) |
| Tahapan dalam elektroforesis tdd? dan jelaskan | Tahap persiapan :
- P’buat’n gel pd glass slab & p’cetakan tempat sampel dg comb
- m’masuk’k running buffer pd bak upper & lower)
- p’siap’n sampel (denaturasi)+RSB(Reducing Sample Buffer)
- m’masuk’k sampel pd gigi yg d’cetak dg comb
- m’masuk’k marker
Tahap kerja :
- d’hubung’k dg alir’n listrik dg voltase & ampere ttt
- sampel yg d’beri p’nanda RSB b’warna biru akan b’gerak dr atas ke
bwh hingga m’capai bak yg b’isi running buffer
- Aliran listrik d’mati’k
- gel d’lepas dr glass slab |
| untuk pendeteksian BM protein apakah perlu dilakukan pewarnaan? pewarnaannya menggunakan apa? | tidak, commasie blue dan perak nitrat |
| Western Blotting adalah | teknik transfer protein dari gel elektrofresis ke matriks membran |
| fungsi western blotting adalah | identifikasi dan klasifikasi protein yg spesifik dengan antibodinya |
| matriks membran yg digunakan adalah? | nitroselulosa, PVDF (polyvinil Diode Fluoride), nylon |
| di dalam label untuk WB terdapat? | biotin, probe fluoresen, enzim konjugat |
| probe fluoresen yg digunakan adalah? | fluorescein atau rhodamin |
| enzim konjugat untuk WB adalah? | horseradish peroxidase atau alkaline phosphatase |
| jenis substrat WB adalah? | chromogenic dan fluorogenic |
| cara pembacaan colorimeter untuk substrat jenis? | chromogenic |
| fluorogenic dibaca dengan menggunakan? | fluorometri |
| pewarnaan dalam praktikum menggunakan | western blue dan rhodamin |
| metode pendeteksian dari WB adalah? | direct dan indirect detection method |
| ab primer tidak berlabel tetapi ab sekunder berlabel merupakan metodek pendeteksian jenis? | indirect |
| fungsi hibridisasi adalah | mencari informasi letak fragmen DNA dlm genom
analisis transkripsi & regulasi
Deteksi penyakit genetik
sidik jari DNA |
| dasar metode hibridisasi adalah? | kemampuan asam nukleat untuk menjadi 2 rantai dengan ikatan spesifik/konsisten/hybrid (AT/GC) |
| prinsip hibridisasi adalah | ikatan asam nukleat pelacak (sudah diketahui) dgn asam nukleat target |
| macam hibridisasi ada apa saja? | 1. hibridisasi southern
2. hibridisasi nothern
3. hibridisasi dot
4. hibridisasi in situ |
| menentukan lokasi fraksi DNA dalam genom menggunakan hibridisasi apa? | hibridisasi southern |
| hibridisasi southern menggunakan enzim apa untuk memotong DNA genom? | enzim restriksi endonuklease |
| fragmen DNA dipisahkan menurut apa dang dengan cara apa? | berdasarkan ukuran dengan cara elektroforesis gel agarosa |
| DNA yg telah didenaturaasi akan berpindah ke membran apa | nilon |
| DNA yg telah menempel pada membran nilon lalu diapakan? | dihibridisasi dengan pelacak DNA berlabel radioaktif dan autoradiografi |
| target hibridisasi nothern, hibridisasi dot, hibridisasi in situ adalah? | N= fragmen RNA yg telah dipisahkan dgn elektroforesis
D= asam nukelat (DNA/RNA @ membran)
I= DNA/RNA @preparat sitologis |
| hibridisasi nothern, dot, insitu menggunakan pelacak apa | N= pelacak DNA berlabel
D= pelacak DNA/RNA berlabel
I= pelacak DNA/RNA berlabel |
| proses kerja WB adalah? | - Blotter td dr 2 sisi, d’antara kedua sisi dalam d’letak’k :
bantalan (spon) – bbrp lb.kertas whatman yg d’basah’i buffer blotting –
membran nitroselulose – gel protein yg tlh d’running – bbrp lb. kertas
whatman basah – bantalan.
- Alat electro blotter d’hubungkan dg listrik, proses b’jalan bbrp jam.
- Stlh proses b’akhir membran yg tlh b’isi pita-pita protein dr gel d’laku’k blocking
- Stlh blocking, d’inkubasi’k dg antibodi primer
- d’cuci & d’inkubasi dg antibodi sekunder yg tlh d’label dg enzim
- d’tambah’k substrat utk p’baca’n hasil |
| deteksi hibridisasi dengan cara? | film X-ray (untuk label radioaktif)
reaksi warna (untuk non radioaktif) |
| pelacak label nonradioaktif adalah | kolorimetri, fluorescent, chemiluminens, spektrofotometer, fluorometer, luminometer |
| proses hibridisasi dipengaruhi oleh | tingkat komplementasi tinggi, dupleks stabil, suhu tertentu |
| fungsi washing adalah | utk m’hilang’k k’lebih’n pelacak yg tdk m’tempel pd
DNA target yg spesifik |
| bagaimana cara memindahkan DNA untai tunggal pd membran? | dipanaskan dengan suhu 80 derajat atau dengan sinau ultraviolet |
| stabilisasi dupleks tergantung pada | jumlah basa komlemen
jenis bbasa komplemen
kadar garam
suhu , pelacak dgn ukuran pendek, titik leleh rendah |
| stabilisasi dupleks membutuhkan kadar garam rendah/tinggi agar stabil? | rendah |
| ikatan GC dan AT merupakan ikatan apa? | hidrogen |
| hibridisasi insitu untuk mendeteksi apa? | DNA/RNA spesifik, jaringan, virus, koloni mikroorganisme |
| untuk hibridisasi insitu, DNA sel didenaturasi mengunakan apa? dan pelabelan menggunakan apa? | denaturasi = formamide
pelabelan menggunakan radioaktif/biotin DNA atau RNA dengan komplementer mRNA pada jaringan |
