You are in browse mode. You must login to use MEMORY

level: Level 1

Questions and Answers List

level questions: Level 1

Question	Answer
Sec sistema	Translokuoja nesupakuotus baltymus;
Sec sudaro 3 dalys	• Baltymą surišantis komponentas; • Motorinis baltymas; • Membraninis kanalas – SecYEG translokazė;
Sec Signalinė seka	– hidrofobinis regionas N gale
SRP (signal recognition particle) –	baltymams skirtiems vidinei membranai.
Periplazma	Periplazma yra koncentruota į gelį panaši matrica, esanti erdvėje tarp vidinės citoplazminės membranos ir bakterijos išorinės membranos, vadinama gramneigiamų bakterijų periplazmine erdve. Naudojant krioelektroninę mikroskopiją nustatyta, kad daug mažesnė periplazminė erdvė yra ir gramteigiamose bakterijose.
Sec sekrecijos veikla su SecB	1. Ateina SecB baltymas su sekretu 2. Prisijungia prie SecYEB 3. Dalyvauja ir SecA, reikalingas ATP, atsijungia SecB 4. Pereina sekretas SecYEB į išorę
Sec sekrecijos veikla su SRP	1. Ateina SRP su FtsY ir sekretu 2. Prisijungia SecYEB 3. Integruojasi į PM
Tat sistema	• Šiuo keliu sekretuojami sulankstyti baltymai; • Kelią sudaro 2-3 komponentai TatA, TatB, TatC; • Svarbus tiek patogeninėms, tiek nepatogeninėms bakterijoms;
Tat sistemos veikimas	1. Sekretas prisijungai prie TatB ir TatC 2. Kompleksas prisijungia prie TatA 3. Skretas iškeliauja per TatA į išorę
G- bakterijų sekrecijos sistemos	G- bakterijos turi sistemas, kurios transportuoja baltymus iš ląstelės ar tiesiai į šeimininko citoplazmą; • Tai didelis iššūkis, nes kertama keletas membranų; • G- bakterijose sekrecinės sistemos yra klasifikuojamos nuo I iki VI; • Visoms būdingas β – domeno motyvas, kuris formuoja žiedą išorinėje membranoje.
I tipo SS	T1SS sąlygoja baltymų judėjimą iš citoplazmos į išorę vienu žingsniu; • Naudojama paprasta sistema iš kelių baltymų; • ABC transporteriai; • 3 struktūriniai komponentai: • ABC transporteris vidinėje membranoje; • MFP – membranas suliejantis baltymas; • OMF – išorinės membranos faktorius.
II tipo SS	Konservatyvi sistema daugelyje G- bakterijų; • Transportuoja sulankstytus baltymus per išorinę membraną; • Sudaro bent 15 skirtingų baltymų; • Sekretinai;
III tipo SS	• Injektosomos, adatos – švirkšto modelis; • Sekrecija vyksta per abi membranas; • Gali transportuoti substratus tiesiai į eukariotų membranas; • Dažniausiai sekretuoja efektorinius baltymus; • Šerdis iš 9 baltymų; • 10-20 pagalbinių būtinų arba svarbių baltymų; • Skirstoma: • Bazalinis kūnelis; • Adatos komponentas; • Translokonas.
IV tipo SS	Konjugacija
V tipo SS	• Substratai unikalūs – sekretuoja patys save; • Tokie baltymai turi būti pernešami per vidinę membraną Sec sistemos; • N gale turi Sec seką; • Tai virulentiškumo baltymai, toksinai, receptorius surišantys baltymai: • Autotransporteriai ; • 2 partnerių sistema; • Šaperono „palydovo“ sistema.
VI tipo SS	• Labai didelė - 21 vienas baltymas; • 13 baltymų konservatyvūs; • Primena fago uodegėlę; • Struktūriniai baltymai veikia kartu ir kaip efektoriniai baltymai; • Efektoriai koduojami kartu su genais sąlygojančiais imunitetą jiems
VIII tipo sekrecijos sistema	• Amiloidinė struktūra svarbi prisitvirtinant prie šeimininko ląstelių, bioplėvelių formavimui ir kolonizacijai; • Produkuojama streso sąlygomis; • Bakteriniai amiloidai yra funkcionali struktūra; • E. coli ši sistema koduojama cgs genų – curli specific genes;
VIII tipo sekrecijos sistema specifikacijos	Nonamerinis CsgG kanalas; • Išorinis paviršius dalijamas į viršutinį nepolinį paviršių ir apatinį polinį paviršių; • Vidinis poros paviršius yra įkrautas neigiamai; • Hidrofobinis regionas yra formuojamas 9 kilpų; • Priešingai nei hidrofilinė kanalo sienelė, kilpos yra labai hidrofobinės.
IX tipo sekrecijos sistema	• Būdinga išskirtinai Bacteroidetes tipui, daugumai jo rūšių; • Nepatogeninėms bakterijoms suteikia gebėjimą judėti, o patogeninėms tai būdas kolonizuoti šeimininką; • Geriausiais ištirtos – Flavobacterium johsoniae ir Porphyromonas gingivalis;
IX tipo sekrecijos sistema specifikacijos	• Citoplazminiai ir VM baltymai: PorX, PorY, PorL, PorM – sistemos reguliacija ir energijos suteikimas; • Periplazminiai baltymai: PorK, PorN, PorW, PG1058 – galimai formuoja kanalą; • IM baltymai: daugelio funkcijos neaiškios, PorU – G- sortazė.
Užląstelinės vezikulės	• Dvisluoksnės membraninės struktūros; • Turi integralinius baltymus, kurie leidžia pristatyti krovinius; • Mikroorganizmuose jose gali būti: • Baltymai; • mRNR; • Glikoproteinai; • Mažosios RNR; • Virusinės dalelės.
Toksinas	komponentas pasižymintis bakteriocidiniu ar bakteriostatiniu poveikiu. Stabilus TA sistemos komponentas. BALTYMAS;
Antitoksinas	neutralizuoja toksiną arba toksino poveikį. Labilus sistemos komponentas. BALTYMAS ARBA RNR.
Toksinų taikiniai:	• DNR replikacija; • iRNR stabilumas; • Baltymų sintezė; • Ląstelės sienelės sintezė; • ATP sintezė.
I tipo TA	Antitoksinas – antiprasminė reguliacinė RNR (sRNR); • Antitoksinas sudaro RNR dupleksą su toksino baltymo iRNR; • I tipo TA toksinai yra susiję su membranos potencialo sutrikdymu. Blokuojamas ATG transliacijos pradžios kodonas; • Stabdomas ribosomų prisijungimas.
Hok-Sok sistema;	• Naudojami persidengiantys ORF; • Hok raiška reguliuojama papildomo transkripto – Mok. Mok raiška stabdoma Sok antitoksino RNR; Hok/Mok -Sok dupleksas yra kerpamas RNazės III
• TisB-IstR-1	Sudėtinga antrinė struktūra; • Ribosome loading site – ribosomų "pakrovimo" inhibicija.
II tipo TA sistemos	• Antitoksino baltymas susijungia su toksino baltymu ir jį inaktyvuoja; • TA heterodimeras veikia kaip represorius (stabdo toksino transkripciją); • Autoreguliacija.
III tipo TA sistemos	Sąveikauja toksino baltymas ir antitoksino RNR; • Pvz: ToxIN TA sistema Erwinia carotovora. ToxN inaktyvuoja ToxI RNR; • ToxI RNR turi 5.5 tiesioginius 36 nukleotidų pasikartojimus; • Inhibicijai svarbus trimerinio ToxIN komplekso formavimąsis.
IV tipo TA sistemos	yeeU/yeeV sistema; • Toksinas sąveikauja su MreB ir FtsZ citoskeleto baltymais ir stabdo polimerizaciją; • Antitoksinas stabilizuoja MreB ir FtsZ polimerus; • Tiesioginės TA sąveikos nėra.
V tipo TA sistemos	• GhoT toksinas; • Antitoksinas GhoSp yra RNAzė; • Antitoksinas sukarpo toksino mRNR taip stabdydamas transliaciją.
VI tipo TA sistema	• SocAB yra atipinė TA sistema Caulobacter crescentus; • SocA antitoksinas reikalingas ClpXP-medijuojamam toksino SocB degradavimui; • Nesant SocA ar ClpXP, SocB akumuliuojasi ir inhibuoja DNR replikacija; • SocB inhibuoja replikaciją susijungdamas su β slenkančiu gnybtu (slinding clamp).
VII tipo TA sistema	• E. coli nuo deguonies priklausoma TA sistema; • TomB – antitoksinas; • Hha – toksinas; • Hha/TomB TA systema paremta toksino inaktyvavimu oksidacijos būdu, panaudojant molekulinį deguonį.
TA sistemų funkcijos	• Ląstelių išlikimas; • Apsauga prieš bakteriofagų infekcijas; • Plazmidžių išlaikymas – genetinių elementų stabilumas; • Atsakas į stresą; • Bioplėvelių formavimas; • Genų reguliacija.
TA sistemų pritaikymas	• Klonavimas; • Reporterinė sistema; • Toksinų ir antitoksinų tyrimai – naujų vakcinų kūrimas; • Antibakteriniai vaistai;
TA sistemų aktyvavimo strategijos	• Kaip aktyvuoti TA sistemas. • (A) Suardyti TA kompleksus. • (B) neleisti kompleksams formuotis. • (C) Aktyvuoti ląstelines proteazes, pvz.: Lon arba Clp. • (D) TA transkripcijos inhibicija. • (E) TA sistemų overekspresija ir aktyvuojančio vaisto greitas pašalinimas. • (F) Plazmidžių pametimo indukcija plazmidėms koduojančioms TA.
Antivirusinės priemonės	• TA sistemos kaip priešvirusinis įrankis; • (A) CD4+ ląstelės transfekuojamos konstruktu turinčiu mazF ir kontroliuojamu TAR. Po infekcijos CD4+ su HIV1 TAT baltymas yra produkuojamas; • Jis jungiasi prie TAR sekos ir įjungia MazF sintezę; • Aktyvus MazF kerpa RNR, tame tarpe ir viruso ir neleidžia jam replikuotis. • (B) Lastelės transformuojamos konstruktu turinčiu dalį MazE ir linkerį MarF kaip polibaltymą; • Polibaltymas lieka neaktyvus kol hepatito C viruso koduojama proteazė NS3 perkerpa linkerį; • MazF išlaisvinimas sukarpo RNR ir indukuoja ląstelės žūtį.