| Hvad er Mitrokondrialt DNA?
Fordele og ulemper? | Cirkulært DNA.
Småt (17.000 bp) - vertebrater og mange andre.
Nemt at isolere fra genomisk DNA.
Tusindvis af kopier pr celle.
Maternelt nedarvet (direkte nedarvning fra hun til afkom hos eukaryoter).
Anses som en ikke-rekombinerende genetisk unit med flere alleler eller haplotyper.
Høj mutationsrate.
Fordele: Rekonstruere fylogenier (manglede rekombination).
Ulemper: Beskrive populationer indenfor en art (fungerer som et locus der påvirkes af naturlig selektion - reflekterer ikke demografien eller evolutionære historie). Kan ikke beskrive units of conservation. |
| Forklar metode til at bruge mtDNA | RFLP (restriction fragment length polymorphism). Undersøger polymorphism vha et restriktions enzym. Kløver antal gange mtDNA har restriktionssite.
Elektropphorese for at se længden på stykkerne - se forskel på de to sekvenser ift mængden af restriktionssites. |
| Forklar hvad microsatelites er
Fordele og ulemper? | DNA marker.
Sammenhængende gentagelser af en kort sekvens (1-6 baser).
Ofte meget polymorphic pga høj mutationsrate.
Resulterer i høj heterozygositet og allel-diversitet (høj genetisk diversitet)- selv få microsatelite loci kan være brugbare.
Alleler måles på længden af sekvensen af gentagelser (denne er forskellig pga høj mutationsrate, hvilket medfører enten færre eller flere gentagelser).
- der kan være flere end to varianter (alleler) af mikrosatellitten i en population. Derfor er mikrosatellitter ofte multialleliske, hvilket betyder, at der er flere end to mulige alleler for et givent mikrosatellit-locus.
Fordele: Informativ, billig og godt til conservation.
Ulemper: Svært at analyserer mange loci. Hvis der er sket en mutation i primer-binding region virker PCR ikke - null-allel - medfører fejlagtigt flere homozygoter i data end der er. |
| Forklar hvad SNP's er
Fordele og ulemper. | Single nucleotide polymorphisms.
Variationer på single basepar lokationer.
Bruges til at undersøge både neutral variation (selektionsmæssigt) og adaptiv variation (de eksisterer i exons, introns eller regulatory regions).
Her kan man
Ulempe: Typisk bi-allelic (A og a) og giver mindre info pr. marker end microsattelites.
Fordel: De har mange flere mulige SNP's ift microsattelites. (Man kan bruge genotyping by sequencing - hele genom sekventeres). |
| Forklar metoder til at bruge SNP's | Single locus methods - kortlægger target SNP's
Multiple locus teqniques - kortlægger SNP's på mange lokationer i et genom eller i en target genome region. |
