Nevýhody

• Obtížná údržba • Tím, že jednotlivé skupiny funkcí nejsou v aplikaci separovány, znamená například přechod na jinou formu komunikace nebo přechod na jiný systém řízení báze dat zásah do mnoha míst programu, což zvyšuje jak časové nároky na údržbu, tak riziko chybných nebo neúplných oprav. • Obtížná přenositelnost aplikace mezi různými platformami Velmi často jsou aplikace s monolitickou architekturou spojeny s jednou platformou jako pupeční šňůrou. Když se na trhu objeví lacinější a výkonnější hardware a/nebo základní software, je velmi nesnadné přenést aplikaci do tohoto nového prostředí. • Obtížné inkrementální zvyšování výpočetních kapacit podle růstu počtu uživatelů a jejich nároků, protože zvyšování kapacit centrálního počítače je možné pouze v určitých skocích.