| Hvad er population genomics? | Brugen af genome-wide data på mange variable loci (man analyserer mange genetiske markers).
(Genetics er hvor man analysere få genetiske markers, ved genomics analyserer man mange) |
| Hvad kan population genomics det bruges til?
Ulemper? | Det kan fortælle om population demografi (bottleneck eller udvidelse) og evolutionære processer (selektion, genetisk drift, genflow og mutation).
Beregne inbreeding.
Info om linkage/kobling og forhold mellem loci.
Forbinde genotyper med fænotyper eller miljøer.
Finde effekter af selektion på baggrund af genetik i stedet for fænotyper
Identificere de environmental factors der driver local adaptation.
Holde styr på relatedness mellem individer i f.eks. captive breeding populations (indespærret populationer).
Give forståelse af hybridisering vha. mønster og timing i genomet
Rekonstruere pedigrees/stamtavler
Beregne relatedness mellem individer
Vigtigt for conservation fordi der er mulighed for stort antal marker loci, hurtige og billige genotyping methods og mulighed for at undersøge selektionsmæssigt neutral variation og adaptive variation.
Ulemper: Forsigtighed - kræver man filtrere data rigtigt, bruger analytiske værktøjer rigtigt, samt indforstået med underliggende antagelser for analyser samt alternative forklaringer til resultater. |
| Forklar NGS (next generation sequencing)
Hvad kan det bruges til? | Sekvenserer miliarder af små dele af DNA.
Her skal man bruge et reference genom (enten fra database eller selv lave det).
Herefter re-sekvenserer man det - ofte flere individer fra samme art.
Step 1: Fragmenter DNA’et. Sker oftest med sonication(brug lyd energi) eller restrictionsenzymer.
Step 2: Producer sequencing libraries. Gøres ved at klone alle eller targeted DNA fragmenter ved PCR.
Step 3: DNA sekvensér fragmenterne i sequencing libraries ved at tilføje nukleotider til complementary strands. (Aflæse fragmenterne)
Kan sekvenserer flere fragmenter på samme tid
Kan bruges til:
Large-scale sequencing
Identifikations af polymorphisms (SNP’s, insertions, deletions, duplications, inversions
Koble genotyper med fænotyper eller environment
Sekvensere cDNA (complimentary DNA), hvilket giver viden om levels of gene expression. |
| Forklar whole genome sequencing
- hvad er assembled reference genome?
- hvad er annotated reference genome? | Bruges ofte som reference genomes.
- Assembled reference genome = næsten alt nuklear DNA sekvens fra et individ, samlet i kontinuerlige segmenter.
- Annotated reference genome = oplister forudsagte proteinkodende gener baseret på eksperimentiel evidens og gen sekvenser fra model species.
Whole Genome sequencing:
Del 1 (Wet-lab procedures): Højkvalitets tissue indsamles. Der ekstraheres DNA og det fragmenteres. Derefter sorteres det i størrelse, og udvalgte fragmenter amplificeres vha. PCR (library constriction).
Så sker der shotgun sequencing (sekventeres vha aligment).
Del 2: Genome assembly. Fragmenterne sættes sammen til en DNA-sekvens.
Del 3: Population genomics. Det genom du lige har samlet analyseres med local realignment, SNP calling, Genotype calling og alt muligt. |
