| Hvad er Hardy-Weinberg equilibrium?
Hvilke forudsætninger er der? | Tilstand hvor der ikke sker nogen evolution i en population mht. et bestemt gen. Populationen har den samme genetiske sammensætning mht. genet i generation efter generation.
Forudsætninger for HW-ligevægt: Random Mating, No mutation, infinite population size, no selection og no immigration. |
| Hvordan tester man for HW-ligevægt? | Simpel måde: Bruger allelfrekvenserne (beregnes ud fra observerede genotyper) og beregner de forventede genotypefrekvenser.
Herefter chi^2 test: Først for hver genotype, hvorefter resultaterne summes. Frihedsgrad = antal mulige genotyper – antal alleler, for at se om der er forskel mellem observeret og forventet.
Null-hypotesen er at populationen er i HW-proportioner.
Exact tests: God at bruge i conservation sammenhænge, fordi sample size ofte er lille i den sammenhæng, og det kan skabe problemer med Chi^2-test.
Man beregner sandsynlighederne for alle mulige samples under antagelsen at null-hypotesen er sand. Dette ændrer ved X^2-værdien der skal til for at acceptere/forkaste null-hypotesen, på en måde så det tager højde for lille sample size.
Bonferroni correction: Beregnes ved Signifikans niveau/antal tests.
Bruges når man laver multiple testing for undgå fejl, ved at korrigerer den kritiske p-værdi (som plejer at være 0,05). Meget konservativt, i dag bruger de fleste False Discovery Rate.
Man bruger programmer til det nu, vi har brugt GenePop. |
| Hvad betyder det:
Hvis F_is=0
Hvis F_is > 0
Hvis F_is < 0 | Hvis F_is=0 er der HW-eq.
Hvis F_is > 0 er der underskud af heterozygoter. Tyder på inbreeding eller Wahlund effect (eller tekniske problemer, f.eks. null-alleler)
Hvis F_is < 0 er der overskud af heterozygoter. Tyder på Assortative mating (ikke-random parring) eller overdominans (eller noget galt med dit data).
- Dette betyder, at der er flere heterozygote individer i populationen, end forventet under Hardy-Weinberg-ligevægten. Overdominans kan opstå, når heterozygote individer har en fordel i fitness i forhold til homozygote individer. |
| Forklar termen heterozygosity
Hvad bruges det til og hvordan? | Heterozygote har to forskellige alleler i et gen.
Den bedste generelle måde at måle genetisk variation i en population.
Forventet heterozygositet beregnes ved 1-forventet homozygositet (summen af p^2).
Man kan godt beregne He udfra få individer, så længe der er nok loci man undersøger.
God til at sammenligne genetisk variation fordi det kan sammenlignes på tværs af forskellig ploidy (haploid, diploid osv.) og i organismer med forskellige reproduktive systemer.
Hvis man skal se om der har været bottleneck, er det bedst at kigge efter mængden af rare alleles. |
| Er disse locus-specifikke eller genome-wide?
Mutation:
Selection:
Inbreeding:
Drift:
Gene flow:
Null allele: | Locus-specifik eller genome-wide?:
Mutation: Locus-specific
Selection: Locus-specific
Inbreeding: Genome-wide, alle bliver påvirket af det.
Drift: Genome-wide
Gene flow: Genome-wide (selvom det kan ligne locus-specific, hvis populationernes gener ligner hinanden)
Null allele: Locus-specific |
