| Forklar hvordan man kan bruge pedigrees til at undersøge for indavl
Hvad med molecular markers? | Pedigrees (den klassiske måde):
Kan være baseret på observationer eller molecular markers. Er estimeret på baggrund af forventet inbreeding, men det er mere kompliceret end det pga. forskellige rekombinationsrater (både individ og kromosom niveau) – derfor er metoden ikke mega præcis.
Man bruger path-tællemetode, hvor man tæller hvor mange ancestors man skal igennem for at komme tilbage ned til det individ man undersøger. Og så regner man (1/2)^N, hvor N er antallet af ancestors man skulle igennem.
Molecular markers:
Forholdet mellem indavls coefficienten (fra pedigree) og heterozygositeten i individer.
Hvis man bruger molecular markers kan man kigge på forholdet mellem observerede antal homozygote loci og forventede antal homozygote loci.
Det kræver betydelig variation i indavl blandt individer. |
| Hvad er indavl?
Nævn de to typer | Krydsning mellem relative, som medfører homozygote.
Homozygositet ved loci for alleler, som er identical by descent.
De to typer:
Non-random mating i en population - præferer at parre med relative (kan ses vha Fis).
Random mating i en lille population - efter få generationer vil de fleste individer være related - øger homozygositet. |
| Forklar hvordan man kan bruge Runs of Homozygosity til at undersøge for indavl | Runs of Homozygosity:
Når der er inbreeding er der store ’runs’ of chromosomes der er homozygote. Dem kalder man runs of homozygosity. Så kigger man på længden af dem ift den totale længde af genomet og beregner en F på baggrund af det.
Der beregnes den ægte mængde inbreeding, fremfor den forventede.
Man kan have forskellige tresholds for hvornår noget et ROH. I et ROH skal der strictly kun være homozygote i en længere række (alt efter din treshold). Tresholden er ligesom hvor meget dit ROH må afbrydes af en heterozygot.
Fx parring imellem halv-søskende forventes af være F = 0.125.
FROH = længden af genomet i ROH / totalt længde af genomet. |
| Forskel på estimering af indavl ved pedigrees og ROH? | Pedigrees giver en forventet indavls koefficient.
Ofte antager den ingen indavl i starten af et pedigree.
ROH måler det realized indavl - den aktuelle proportion af genomet som er homozygot (identical-by-descent).
Måler indavl over længere tid. |
| Hvad er indavls depression
Hvad kan det skyldes? | Reduceret fitness pga. Inbreeding (reduceret fitness i inbred offspring ift i outbred offspring).
Mutation load (fald i fitness pga akkumulering af skadelige (recessive) mutationer)
- Kan komme pga. mange midel recessive skadelige eller få meget skadelige / letale alleler.
Segregation load (fald i fitness pga heterozygot fordel):
- Kan komme af mangel på heterozygositet (fx immunsystem gener) - ikke så modstandsdygtige. |
| Forklar genetic load - hvordan måles det? | Genetic load: Mål for skadelig variation i genomet.
- Enten segregation load eller mutation load.
Kan måles i Lethal Equivalents (LE).
Man ser på gennemsnittet af LE per diploid genom.
- En højere lethal equivalent indikerer en større risiko for negative genetiske konsekvenser.
LE kan have forskellige værdier, fordi de repræsenterer forskellige genetiske scenarier og variationer inden for en population.
1 LE = En gruppe af skadelige alleler, der i gennemsnit vil medfører én død, hvis man er homozygot.
1 LE = 1 lethal allele (homozygot = død)
1 LE = 2 alleler der forårsager død 50% af gangene, hvis de er homozygote (der en sandsynlighed på 0,5 for død for hver homozygot kombination af disse alleler). |
| Forklar hvordan inbreeding depression afhænger af miljøet | Miljøet kan afgøre om inbreeding bliver til inbreeding depression, fordi fitness kan være forskellig i forskellige miljøer.
Inbred individuals har lavere fitness i den vilde natur end i fangeskab. I mere stressfull environments vil samme population altså have mere inbreeding depression (ikke lige så modstandsdygtige og tilpasdygtige).
Klimaforandringer fører til stressful environments som fører til mere inbreeding depression.
Fx ørred - ingen forskel i overlevelse eller ægklækning, men når de kommer ud i havet = 71% reduktion i overlevelse af indavlede individer. |
| Forklar terme Purging | Purging er hvor inbreeding fjerner noget skadelig variation.
Det sker på denne måde:
En population har lav effektiv populationsstørrelse og der kommer inbreeding og dermed mere homzygositet.
Det gør at skadelige recessive alleler bliver ’afsløret’ i homozygoterne, og på den måde kan blive fjernet af selektionen. På denne måde slipper genomet altså af med de skadelige recessive alleler.
Det virker teoretisk for stærkt skadelige recessive alleler, men ikke for svagt skadelige, fordi der ikke er stærk nok selektion mod det.
Det kan gøre fitness højere, men samtidig bliver fitness lavere pga. fixation (pga. drift) af de småskadelige alleler. Det er altså ikke en god conservation strategy, da det er alt for risikabelt.
Kan forklare hvorfor nogen bottleneck-populationer klarer det godt. |
